जल्द ही हैदराबाद में कांग्रेस पार्टी पर प्रतिबंध लगा दिया गया और उसके नेताओं को जेल में डाल दिया गया। इससे भी अधिक अशुभ बात यह है कि शासक ने भारत को इसका खुलासा किए बिना, गुप्त रूप से पाकिस्तान को 200 मिलियन रुपये का ऋण दिया था। अपनी बयालीस हजार मजबूत सेना को बढ़ाने के लिए दृढ़ संकल्पित, सिडनी कॉटन नामक एक ऑस्ट्रेलियाई के संपर्क के माध्यम से हवाई मार्ग से हथियारों की तस्करी की व्यवस्था की जा रही थी। निज़ाम ने गोवा के माध्यम से पुर्तगालियों से हथियार सुरक्षित करने का भी प्रयास किया।
लोगों का दमन और सांप्रदायिक हिंसा बड़े पैमाने पर थी। कासिम रज़वी के नेतृत्व में फासीवादी गुंडों रज़ाकारों को अप्रत्यक्ष रूप से इन नापाक गतिविधियों को अनियंत्रित रूप से आगे बढ़ाने की अनुमति दी गई थी। इस समय निज़ाम और रजाकारों को आर्य समाज और हिंदू महासभा से दोतरफा प्रतिरोध का सामना करना पड़ रहा था, जो हिंदू अधिकारों के लिए लड़ रहे थे और दूसरे ग्रामीण तेलंगाना में कम्युनिस्टों से जो किसानों के अधिकारों के लिए लड़ रहे थे। प्रतिरोध के इन दोनों पहलुओं ने निज़ाम के लिए एक भयानक खतरा पैदा कर दिया, जिससे रजाकारों को उन पर आतंक का राज कायम करने के लिए प्रेरित किया गया। वे एक गाँव से दूसरे गाँव गए और कई हिंदू ग्रामीणों की सामूहिक हत्या, बलात्कार और अपहरण कर लिया। कुल मिलाकर, इस अवधि के दौरान रजाकारों और निज़ाम की पुलिस द्वारा 2000 से अधिक लोग मारे गए और कई सौ महिलाओं के साथ बलात्कार किया गया।
तेलंगाना का वीरा बैरनपल्ली गांव सबसे भीषण नरसंहार का गवाह बना। जून 1948 से, रजाकारों ने तीन बार गांव में घुसने की कोशिश की, लेकिन ग्रामीणों ने गोफन और अन्य पारंपरिक हथियारों का इस्तेमाल कर उन्हें खदेड़ दिया। हालाँकि, अगस्त में रजाकार हैदराबाद राज्य पुलिस की मदद से प्रतिरोध को तोड़ सके। ग्रामीणों ने गांव के किले में शरण ली और कुछ रजाकारों को मारने में सफल रहे। हालाँकि, रक्षक पराजित हो गए और मारे गए, जिसके बाद रजाकारों ने महिलाओं के साथ बलात्कार किया, उनके सोने के गहने लूट लिए और लगभग 118 ग्रामीणों की गोली मारकर हत्या कर दी।
वारंगल जिले के दोर्नाकल मंडल के पेरुमंडला संकीसा गांव में, 1 सितंबर 1948 को, लगभग 25 से 30 रजाकारों ने घोड़ों पर गांव पर हमला किया और कई लोगों को इकट्ठा किया, गुरिल्लाओं के ठिकाने जानने के बहाने ग्रामीणों पर अत्याचार किया, उन्हें बाहरी इलाके में ले गए। और उन्हें गोली मारने से पहले एक घेरे में खड़ा कर दिया। उन्होंने घास के ढेर में आग लगा दी और घायलों को आग में फेंक दिया। रजाकारों को देखकर महिलाएं भाग गईं और मक्के के खेतों में छिप गईं। लेकिन रजाकारों द्वारा उनका पीछा किया गया और उनका शिकार किया गया और दिन के उजाले में खुलेआम बलात्कार किया गया।
कर्नाटक के बीदर जिले के गोराटा गाँव में, जो उस समय निज़ाम शासित हैदराबाद राज्य का एक हिस्सा था, रजाकर कमांडर शम्सुद्दीन ने उस गाँव पर हमला किया जहाँ स्थानीय लोगों ने राष्ट्रीय ध्वज फहराया था। ग्रामीणों ने जवाबी कार्रवाई करते हुए शमसुद्दीन की हत्या कर दी थी. इसके बाद 9 मई, 1948 को गोराटा गांव में रजाकारों ने 200 से अधिक लोगों की हत्या कर दी।
वारंगल जिले के पारकला गाँव में, वारंगल में सभी सभाओं पर पुलिस की रोक के बावजूद, आसपास के गाँवों के 1,500 से अधिक लोग 2 सितंबर 1947 को भारत का राष्ट्रीय ध्वज फहराने के लिए एकत्र हुए। प्रत्यक्षदर्शियों के अनुसार, पुलिस और रजाकारों ने अंधाधुंध गोलीबारी की, जिसमें लोगों की मौत हो गई। 22 लोग और 150 से अधिक गंभीर रूप से घायल। रजाकारों ने तीन लोगों को पेड़ से बांधकर और गोली मारकर हत्या कर दी। पास के गाँव लक्ष्मीपुरम में, उन्होंने महिलाओं का यौन उत्पीड़न किया, पैसे लूटे और झोपड़ियों में आग लगा दी।
अत्याचार के ऐसे सैकड़ों कृत्य इतिहासकारों द्वारा दर्ज हैं। रजाकारों ने अपना बर्बर अभियान तब तक जारी रखा जब तक भारतीय सेना ने 1948 में ऑपरेशन पोलो के जरिए उनकी सेना को परास्त नहीं कर दिया।