जून 1947 में, पहले के राजनीतिक विभाग की जगह एक 'स्टेट्स डिपार्टमेंट' का गठन किया गया, जिसमें गृह मंत्री सरदार वल्लभभाई पटेल विभाग के प्रभारी थे और वीपी मेनन इसके सचिव थे। विभाग पर सभी रियासतों को भारत में एकीकृत करने की प्रमुख जिम्मेदारी थी। इन सभी विविध राज्यों को एक सार्थक मोज़ेक में एकीकृत करना मोज़ेक के अलग-अलग और अक्सर टकराने वाले रंगों और पैटर्न को देखते हुए असंभव लग रहा था।
565 रियासतों में से तीन सौ सत्ताईस रियासतों का क्षेत्रफल मुश्किल से 20 वर्ग मील, जनसंख्या लगभग 3 हजार और वार्षिक आय लगभग 22 हजार रुपये थी।
सभी रियासतों को 'इंस्ट्रूमेंट ऑफ एक्सेशन' नामक संधि का एक तैयार मसौदा भेजा गया था। जबकि अधिकांश राज्यों ने तुरंत समझौते पर हस्ताक्षर कर दिए, कुछ उद्दंड या चुनौती देने वाले राज्य भी थे, जिन्होंने हस्ताक्षर करने से इनकार कर दिया; उनमें बड़ौदा, भोपाल, हैदराबाद, जम्मू और कश्मीर, जोधपुर, जूनागढ़, मणिपुर और त्रावणकोर-कोचीन शामिल थे।